I dodici (12) Centri Operativi della DIA sono istituiti in quelle aree di maggiore presenza della criminalità mafiosa. Ad oggi sono dislocati a Torino, Milano, Genova, Padova, Firenze, Roma, Bari, Napoli, Reggio Calabria, Catania, Palermo e Caltanissetta.
Sono altresì operative dieci (10) Sezioni site nelle sedi di Trieste, Salerno, Lecce, Foggia, Agrigento, Messina, Catanzaro, Trapani, Bologna e Brescia.
I Centri Operativi sono organizzati, di norma, su tre settori riconducibili alle seguenti aree omogenee di intervento: – investigazioni preventive; – investigazioni giudiziarie; – affari generali e gestione delle risorse umane e strumentali.